Oui.
On peut avoir toutes sortes de paginations dans un même document (chiffres arabes, romains, taille différente, en haut, en bas, couleurs différentes, etc.)... Tout est possible.
La seule chose à savoir c'est que la pagination fait partie de la mise en page et que pour changer la mise en page (et donc la pagination) dans un même document, il faut insérer des sauts de section. A chaque changement, on insère un saut de section.